Die Tradition des Kirchenkreises Schwaben-Altbayern reicht zurück bis in die Zeit der Reformation: Freie Reichsstädte wie Kempten, Memmingen und Regensburg schlossen sich schon sehr früh der Reformation an, die Bauernkriege wüteten in großen Teilen Schwabens und am 25. Juni 1530 wurde die Confessio Augustana auf dem Reichstag in Augsburg den Reichsständen vorgelegt.
Die evangelischen Glaubenswurzeln in den überwiegend katholischen Regionen in der Oberpfalz und Niederbayern sind unterschiedlich alt und je nach historischer Territorialentwicklung unterschiedlich ausgeprägt: Da gibt es die ehemaligen Reichsterritorien, die unabhängig vom Herzogtum Bayern bereits kurz nach der Reformation evangelisch wurden und ihre Konfession über Jahrhunderte beibehielten, wie die Reichsstadt Regensburg, die Grafschaft Ortenburg in Niederbayern, die oberpfälzische Herrschaft Wolfstein oder das „Sulzbürger Landl“ bei Neumarkt.
Spuren der Reformation finden sich auch allerorten in Südbayern, so in Oberbayern beim Münchner Buchdrucker Hans Schobser in Maxlrain, in Neuötting oder der Grafschaft Haag. Die Territorien Pfalz-Neuburg und die Oberpfalz hatten sich ebenfalls der Reformation angeschlossen. Doch der lutherischen Bewegung stand der konsequente Widerstand der bayerischen Herzöge entgegen, so dass spätestens ab 1571 die Protestanten auf dem Gebiet des Herzogtums ihre Konfession nicht frei ausüben konnten – von der Gründung einer evangelischen Kirche ganz zu schweigen.
Erst zu Beginn des 19. Jahrhunderts konnte der Protestantismus in ganz Südbayern Fuß fassen: Kurfürst Max IV. Joseph (ab 1806 König Max I. Joseph) holte mit Friederike Wilhelmine Caroline von Baden eine evangelische Prinzessin an den Hof. Drei der vier bayerischen Königinnen waren evangelisch. Weitere evangelische Bedienstete und Beamte zogen hinzu und erste Diasporagemeinden gründeten sich unter anderem in Großkarolinenfeld sowie in Feldkirchen, Freising, Bad Reichenhall, Fürstenfeldbruck, Burghausen oder im Raum Rosenheim.
Erste kirchenverfassungsrechtliche Strukturen entstanden 1818 durch das sogenannte Protestantenedikt. Der König als summus episcopus übertrug darin eine begrenzte kirchliche Eigenständigkeit an die neugeschaffene selbständige kirchliche Behörde des Oberkonsistoriums mit einem Präsidenten protestantischen Bekenntnisses und Sitz in München. Ihm unterstanden neben den drei Konsistorien Ansbach, Bayreuth und Speyer auch das Dekanat München.
Am 1. Januar 1921 trat – mitten in einer Zeit der politischen und theologischen Umbrüche – die „Verfassung der Evangelisch-Lutherischen Kirche in Bayern“ in Kraft. Sie ist das Gründungsdokument einer vom Staat unabhängigen und bewusst demokratisch verfassten Landeskirche. Zugleich entstand der Kirchenkreis München, der ganz Südbayern umfasste, zusammen mit den Kirchenkreisen Ansbach und Bayreuth.
Die meisten evangelischen Gemeinden und Einrichtungen wuchsen in der Zeit der Bonner Bundesrepublik zwischen 1945 und 1989, in der immer mehr evangelische Menschen in Schaben und Altbayern ihre Heimat fanden. In dieser Zeit wurden auch 1951 der Kirchenkreis Regensburg und 1971 der Kirchenkreis Augsburg gegründet.
Seit dem 1. März 2025 ist der Kirchenkreis wieder vereint als „Kirchenkreis Schaben-Altbayern“ und umfasst das ursprüngliche Gebiet. Die Leitung des Kirchenkreises haben zwei Regionalbischöfe inne, das Büro arbeitet an den drei Standorten Augsburg, München und Regensburg.